Pri Prehrambeno-tehnološkom fakultetu Osijek djeluju sljedeći Zavodi i Katedre:

Zavodi:

Zavod za primijenjenu kemiju i ekologiju
Predstojnik Zavoda: doc. dr. sc. Valentina Bušić

Zavod za prehrambene tehnologije
Predstojnik Zavoda: izv. prof. dr. sc. Đurđica Ačkar

Zavod za ispitivanje hrane i prehrane
Predstojnik Zavoda: izv. prof.. dr. sc. Ines Banjari

Zavod za procesno inženjerstvo
Predstojnik Zavoda: izv.prof. dr. sc. Natalija Velić

Ustrojbene jedinice Fakulteta
Centar za razvoj i tehnološki inženjering
Predstojnik CERT-ING-a: prof. dr. sc. Mate Bilić
Tajništvo
Tajnik Fakulteta: Janja Perić, dipl. iur.
Knjižnica
Voditelj knjižnice: Sanda Hasenay, knjižničarska savjetnica
Centar za kvalitetu mesa
U okviru Zavoda za primijenjenu kemiju i ekologiju ustrojene su sljedeće Katedre: Predsjednik katedre
Katedra za kemiju i ekologiju izv. prof. dr. sc. Mirna Habuda-Stanić
Katedra za primijenjenu kemiju i instrumentalne metode prof. dr. sc. Lidija Jakobek Barron
Katedra za biokemiju i toksikologiju prof. dr. sc. Ivica Strelec
U okviru Zavoda za prehrambene tehnologije ustrojene su sljedeće Katedre: Predsjednik katedre
Katedra za prehrambeno inženjerstvo izv. prof. dr. sc. Anita Pichler
Katedra za tehnologije prerade žitarica prof. dr. sc. Marko Jukić
Katedra za tehnologiju voća i povrća prof. dr. sc. Mirela Kopjar
Katedra za tehnologiju ugljikohidrata doc. dr. sc. Antun Jozinović
Katedra za mljekarstvo doc. dr. sc. Mirela Lučan
Katedra za tehnologiju mesa i ribe prof. dr.sc. Dragan Kovačević
U okviru Zavoda za ispitivanje hrane i prehrane ustrojene su sljedeće Katedre: Predsjednik katedre
Katedra za kakvoću hrane prof. dr. sc. Ljiljana Primorac
Katedra za prehranu izv. prof.. dr. sc. Ines Banjari
Katedra za biologiju i mikrobiologiju doc. dr. sc. Lidija Dujmović
U okviru Zavoda za procesno inženjerstvo ustrojene su sljedeće Katedre: Predsjednik katedre
Katedra za tehnološke operacije prof. dr. sc. Ana Bucić-Kojić
Katedra za termodinamiku i reakcijsko inženjerstvo izv. prof. dr. sc. Sandra Budžaki
Katedra za modeliranje, optimiranje i automatizaciju doc. dr. sc. Frane Čačić Kenjerić
Katedra za projektiranje tehnoloških procesa i konstrukcijske materijale prof. dr. sc. Darko Velić
Katedra za bioprocesno inženjerstvo prof. dr. sc. Vinko Krstanović
Samostalne Katedre: Predsjednik katedre
Katedra za strane jezike i kineziologiju doc. dr. sc. Antonija Šarić

Odluka o ustroju Fakulteta